Les manquants sont dus généralement à des causes accidentelles : le plus souvent il s'agit de dégâts d'insectes ou de blessures lors du nettoyage de la plantation. Leur remplacement consiste à planter d'autres plants à leur place. Il doit être fait le plus tôt possible, de préférence au cours de la première année.

Le réglage de l'ombrage est très important pour une jeune plantation. Au cours de la première année, un ombrage dense est nécessaire (laisser seulement 25 à 50% de la lumière totale). Il doit être progressivement réduit pour laisser une pénétration de 50 à 75% de la lumière totale lorsque les cacaoyers ont atteint leur plein développement (à partir de 3 ans).

Les travaux d'entretien du sol consistent essentiellement à éliminer les adventices (mauvaises herbes). L'utilisation d'un bon ombrage, l'application d'un paillage dans les lignes de plantation, l'entretien d'une couverture dans les interlignes, toutes ces tâches facilitent le contrôle dans une jeune plantation.

Dans une plantation adulte bien constituée, les couronnes des arbres forment un couvert continu et dense au-dessus du sol. Celui-ci est dans ce cas recouvert d'un épais tapis de feuilles mortes empêchant ainsi le développement des plantes adventices.

L'opération de taille est une opération d'entretien. Elle consiste à éliminer les gourmands afin de favoriser la formation de la couronne. On note deux types de taille : la taille de formation afin de sélectionner les meilleurs tiges, et la taille d'entretien.

Sur les jeunes plantations, une surveillance phytosanitaire doit être régulièrement effectuée. En effet, les dégâts d'insectes qui, sur des arbres adultes, pourraient être sans danger, peuvent compromettre gravement le développement des jeunes arbustes en cas de récidive. A partir de la deuxième année, les traitements phytosanitaires en cacaoyère concernent les Mirides ou les Capsides (insectes parasites du cacaoyer). Les traitements anti-capsides se font par l'application d'insecticides spécifiques à l'aide d'un atomiseur. Il y a deux traitements par an lorsqu'on utilise des insecticides de troisième génération (qui deviennent les plus courants). Les deux périodes de traitement sont janvier –février et juillet – août.
Dans le cas d'une culture intensive pratiquée sans ombrage permanent, l'apport d'engrais s'avère nécessaire.

Le nettoyage consiste à débroussailler la plantation, à procéder à l'égourmandage et à la suppression des rameaux morts. Il s'effectue à la machette. Dans les plantations non productives, il faut trois nettoyages au minimum dans une campagne (d'octobre à septembre de l'année suivante). Dans une plantation productive, le débroussaillage s'avère nécessaire, avant le traitement phytosanitaire et la récolte. Par contre, l'égourmandage et la suppression des rameaux morts peuvent se faire régulièrement.

C'est le plus souvent par leur changement de couleur que l'on apprécie la maturité des cabosses, le vert virant au jaune, le rouge virant à l'orangé. La récolte doit être effectuée à intervalles réguliers qui devraient être en moyenne de 10 à 15 jours, et ne devraient, en tout état de cause, jamais excéder trois semaines.
La cueillette est une opération délicate où une attention particulière doit être portée aux coussinets floraux pour éviter de les blesser. La cueillette des cabosses du tronc et des branches basses se fait facilement avec une machette. Celle des branches en hauteur nécessite l'utilisation d'un outil à manche de type émondoir.

Après la récolte, les cabosses sont transportées à proximité du lieu où les fèves doivent être fermentées. L'écabossage consiste à casser les cabosses et à en extraire les fèves qui, séparées du placenta, seront ensuite soumises à la fermentation. L'écabossage s'effectue normalement à l'aide d'un gourdin.

Le séchage a pour but de ramener la teneur en humidité des fèves fermentées, qui est d'environ 60%, à une valeur de 6 à 7%. L'humidité du cacao séché doit être maintenue à ce taux si l'on veut assurer au cacao de bonnes conditions de conservation.

Les méthodes utilisées pour le séchage du cacao peuvent être classées en deux grands groupes : séchage naturel (ou solaire) sur des claies aménagées à cet effet (10 à 12 jours), et le séchage artificiel à l'aide de séchoirs thermiques.